Islas, islotes, cayos y bancos
San Andrés, la isla más grande y capital del Departamento, es de origen coralino, tiene un área de 27 kms2 y cerca de 60.000 habitantes, entre nativos raizales (afrocaribeños), colombianos continentales yextranjeros. Providencia, la segunda en tamaño, y Santa Catalina,la menor de las tres islas habitadas, son de origen volcánico; el área de la primera es de 18 kms2 y el de la segunda, un kilómetro cuadrado. Estas dos islas están separadas por el Canal Aury y se encuentran unidas por un puente de madera de alrededor de 150 metros de largo. La mayoría de sus habitantes son nativos raizales y no pasan de 5.000.
Al norte de Providencia y Santa Catalina se encuentran los cayos Roncador, Serrana y Serranilla y los bajos Queena Reef (Quitasueño), Alice Shoal (Alicia), Bajo Nuevo y Rosalinda. Estos y los del sur del archipiélago aparecen en mapas de navegación desde el siglo XVI. No están poblados pero sirven de refugio a pescadores del archipiélago y de algunos países cercanos.
El atolón Roncador está localizado a unos 140 kilómetros al este de Old Providence. Es alargado, en forma de aguacate, y sus arrecifes periféricos delinean la figura de un anzuelo. El atolón mide unos 15 kilómetros en sentido NW-SE y aproximadamente siete kilómetros. en su porción más ancha. Se considera importante por la representatividad de sus arrecifes y por ser un lugar de anidamiento de varias especies de aves marinas. Las aguas más profundas del área inmediatamente al este del arrecife son utilizadas por los pequeños pesqueros industriales.
Serrana es un extenso banco de forma triangular-ameboide, originado a partir de un atolón. Mide aproximadamente 37 kilómetros en dirección WSW-ENE y 30 kilómetros en sentido SW-NE. Allí se encuentra un arrecife periférico bien desarrollado, de más de 50 kilómetros de longitud. Encierra por el norte, el este y el sur una enorme cuenca lagunar. Los cayos del banco son sitio de anidamiento de pájaros bobos (Sula sp.), fragatas (Fregata magnificens) y tortugas marinas.
Serranilla es el cayo más septentrional del archipiélago. Es decir, es el que queda más al norte.
Queena Reef o Quitasueño está localizado a unos 70 kilómetros hacia el NNE de Old Providence. Es el complejo arrecifal más grande del Archipiélago. Pese a que allí tiene lugar una intensa actividad extractiva artesanal e industrial de langosta (Panulirus spp.), caracol de pala (Strombus gigas), peces y aun de tortugas, es el menos conocido desde el punto de vista de sus características geomorfológicas y ecológicas. Incluyendo su área de plataforma, el banco tiene algo más de 60 kilómetros de longitud y entre 10 y 20 kilómetros de ancho. En este banco, que tiene forma alargada, no existe actualmente ningún cayo, solamente un faro construido sobre el arrecife, en el extremo norte del banco.
Al sur de San Andrés se encuentran los cayos Courtown (Bolívar) y Southwest Cay (Albuquerque). El atolón Courtown o Bolívar está localizado a unos 25 kilómetros al sureste de San Andrés. Tiene forma de riñón, con una longitud máxima en dirección SSE-NNW de 6,4 kilómetros y un ancho de 3,5 kilómetros. La mitad sur de la estructura del atolón esta orientada en sentido SE-NW, mientras que la mitad norte esta en dirección NNW-SSE. El atolón está formado por dos cayos y un banco de arena. El atolón posee dos cayos - East Cay y West Cay -. El primero tiene palmas de coco, arbustos bajos y algunas gramíneas. Los pescadores lo utilizan para pernoctar durante sus jornadas de pesca y es también frecuentado por turistas. En el segundo cayo se encuentran actualmente un faro y el puesto militar de la Armada Nacional.
Southwest Cay o Albuquerque es un atolón situado a unos 37 kilómetros al suroeste de San Andrés y a 190 kilómetros al este de la costa de Nicaragua. Está conformado por dos islitas llenas de vegetación, que se llaman North Cay y South Cay. Es el único de los atolones del Archipiélago de forma circular con un diámetro en sentido este-oeste de 8 kilómetros, aproximadamente, incluida la terraza prearrecifal. La vegetación está constituida básicamente por palmas de coco, algunos árboles de caucho (Ficus sp.) y arbustos bajos (Scaevola sp, Tournefortia sp). Bordeando la costa de sotavento existe una pradera de fanerógamas marinas dominadas ampliamente por Thalassia testudinum. Tiene la formación coralina mejor conservada del archipiélago. En las aguas de estos cayos hay una hermosa y variada fauna: barracudas, peces ángel, estrellas de mar, tiburones, delfines y numerosas especies más.